《慈悲藥師寶懺》是依照《藥師琉璃光如來本願功德經》中，加上藥師如來十二大願所成之懺悔法門，令眾生為苦惱所逼，或是為貧窮病苦所擾，只要虔誠禮拜，並一心稱念藥師如來名號，虔誠懺悔，其所受苦難悉皆消除，所求願皆能滿願。
禮拜《慈悲藥師寶懺》願力不可思議，能使眾生遠離一切惱苦，虔誠力行，更能利益一切有情，消除累世業障災難，增長現世福壽康寧，在懺悔法門中，以藥師寶懺懺法最為殊勝，經文中云：眾生自違真性，枉入迷流，隨生死以飄沉，逐色而貪染，又云：仰三寶以慈悲，瀝一心而懺悔，所願能仁拯拔。善友提攜，出煩惱之深淵，到菩提之彼岸。於結壇亦云：禮懺功德殊勝行。唯有虔誠懺悔，不僅可達罪業清淨，更能具足般若智慧、 得解脫，身心安樂。