《慈悲藥師寶懺》是依照《藥師琉璃光如來本願功德經》中,加上藥師如來十二大願所成之懺悔法門,令眾生為苦惱所逼,或是為貧窮病苦所擾,只要虔誠禮拜,並一心稱念藥師如來名號,虔誠懺悔,其所受苦難悉皆消除,所求願皆能滿願。
禮拜《慈悲藥師寶懺》願力不可思議,能使眾生遠離一切惱苦,虔誠力行,更能利益一切有情,消除累世業障災難,增長現世福壽康寧,在懺悔法門中,以藥師寶懺懺法最為殊勝,經文中云:眾生自違真性,枉入迷流,隨生死以飄沉,逐色而貪染,又云:仰三寶以慈悲,瀝一心而懺悔,所願能仁拯拔。善友提攜,出煩惱之深淵,到菩提之彼岸。於結壇亦云:禮懺功德殊勝行。唯有虔誠懺悔,不僅可達罪業清淨,更能具足般若智慧、 得解脫,身心安樂。